Futbolista nacido en la localidad sevillana de Écija, se crió en la cantera del Atlético de Madrid, debutando en Primera División en mayo de 2010 de la mano de Quique Sánchez Flores. Considerado como una de las mayores promesas del fútbol base rojiblanco, fue cedido al año siguiente al Deportivo, donde se hizo un sitio como titular indiscutible en su primera temporada completa en la máxima categoría, siendo nombrado como tercer jugador revelación del campeonato.

Sus buenas actuaciones le llevaron a la selección española sub-21, con la que disputaría cinco partidos en aquella campaña y con la que se proclamaría campeón de Europa en Dinamarca junto a jugadores como De Gea, Thiago, Javi Martínez, Mata o Muniain.

Tras el descenso coruñés, Rubén Pérez fue cedido por el Atlético en años sucesivos a Getafe, Betis y Elche, siempre en Primera División y teniendo una participación destacada en la mayoría de las temporadas. En 2014 se marchó, también a préstamo, al Torino italiano, aunque la falta de oportunidades propició su regreso a España en el siguiente mercado de invierno. Su destino fue el Granada, donde volvió a ser importante; no en vano, el conjunto nazarí adquirió sus derechos en propiedad en el verano de 2015.

En verano de 2016 llegó a Butarque como cedido por el Granada, siendo indispensable en el mediocentro para Asier Garitano, y siendo nuevamente cedido por el cuadro nazarí por una nueva temporada en 2017. Finalmente, y tras rescindir su vinculación con el club nazarí, firmó en propiedad en julio de 2018. Siguió siendo fundamental para Mauricio Pellegrino, llegando al centenar de partidos como pepinero en su tercera campaña en el club, estrenándose como goleador en el club en la 2019/20, en la que se convirtió en uno de los capitanes del equipo.