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Futbolista nacido en la localidad sevillana de &Eacute;cija, se cri&oacute; en la cantera del Atl&eacute;tico de Madrid, debutando en Primera Divisi&oacute;n en mayo de 2010 de la mano de Quique S&aacute;nchez Flores. Considerado como una de las mayores promesas del f&uacute;tbol base rojiblanco, fue cedido al a&ntilde;o siguiente al Deportivo, donde se hizo un sitio como titular indiscutible en su primera temporada completa en la m&aacute;xima categor&iacute;a, siendo nombrado como tercer jugador revelaci&oacute;n del campeonato.
Sus buenas actuaciones le llevaron a la selecci&oacute;n espa&ntilde;ola sub-21, con la que disputar&iacute;a cinco partidos en aquella campa&ntilde;a y con la que se proclamar&iacute;a campe&oacute;n de Europa en Dinamarca junto a jugadores como De Gea, Thiago, Javi Mart&iacute;nez, Mata o Muniain.
Tras el descenso coru&ntilde;&eacute;s, Rub&eacute;n P&eacute;rez fue cedido por el Atl&eacute;tico en a&ntilde;os sucesivos a Getafe, Betis y Elche, siempre en Primera Divisi&oacute;n y teniendo una participaci&oacute;n destacada en la mayor&iacute;a de las temporadas. En 2014 se march&oacute;, tambi&eacute;n a pr&eacute;stamo, al Torino italiano, aunque la falta de oportunidades propici&oacute; su regreso a Espa&ntilde;a en el siguiente mercado de invierno. Su destino fue el Granada, donde volvi&oacute; a ser importante; no en vano, el conjunto nazar&iacute; adquiri&oacute; sus derechos en propiedad en el verano de 2015.
En verano de 2016 lleg&oacute; a Butarque como cedido por el Granada, siendo indispensable en el mediocentro para Asier Garitano, y siendo nuevamente cedido por el cuadro nazar&iacute; por una nueva temporada en 2017. Finalmente, y tras rescindir su vinculaci&oacute;n con el club nazar&iacute;, firm&oacute; en propiedad en julio de 2018. Sigui&oacute; siendo fundamental para Mauricio Pellegrino, llegando al centenar de partidos como pepinero en su tercera campa&ntilde;a en el club, estren&aacute;ndose como goleador en el club en la 2019/20, en la que se convirti&oacute; en uno de los capitanes del equipo.