El 27 de marzo de 2006, el Leganés estrenaba entrenador en la figura de Santiago Martín Prado, “Pradito”. El técnico madrileño llegaba al banquillo de Butarque tras la salida de Luis Ángel Duque, quien, a su vez, había reemplazado a Quique Estebaranz al poco de comenzar la temporada. A falta de diez jornadas para el final del campeonato, los pepineros coqueteaban con los puestos de descenso a Tercera División, y necesitaban reaccionar para poder salvar la categoría.
Prado, quien antes había entrenado a Atlético de Madrid ‘B’, Majadahonda, Getafe, Toledo o Talavera, hacía su debut en Butarque ante el Celta ‘B’, un rival directo. Su primera alineación era la formada por: Raúl Moreno; Cabero, Javi González, Sambruno, Aridani; Juli, Rodri; Aguilera, Migui, Quero; y Sequeiros. En la segunda parte entraban Jorge García, un joven César Soriano y Robert. Migui, de penalti poco antes del descanso, marcaba el único gol del partido y daba los tres puntos al Leganés.
Prado conseguiría la permanencia y sería el entrenador de la siguiente temporada, en la que el Lega finalizaría en el centro de la tabla. Su balance total sería de 48 partidos dirigidos, con 19 victorias, 13 empates y 16 derrotas.
