Criado desde los 12 años en la cantera de la Real Sociedad, debutó con el primer equipo con sólo dieciocho en octubre de 2011 en un partido ante el Real Madrid. Aquel día iniciaría una carrera de ocho años en el club donostiarra, con el que disputaría hasta 194 partidos oficiales en los que marcaría siete goles y repartiría 34 asistencias.

Durante esas campañas contibuiría a las buenas temporadas de los 'txuri-urdin', incluyendo la clasificación para la Liga de Campeones de la temporada 2013/14, en la que Rubén participaría aquel curso. En la siguiente temporada también conoció la Europa League, al igual que en la 2017/18. Entre medias, sólo tendría un paréntesis de medio año cedido en el Real Betis en 2017.

En enero de 2020 dio por concluida su etapa en San Sebastián y fichó por el Girondins de Burdeos, con el que debutó en febrero en la Ligue 1. En los seis partidos que pudo disputar antes de la cancelación de la competición en marzo por la pandemia, anotó un tanto ante el París Saint Germain en el Parque de los Príncipes. En la 2020/21 fue cedido al C.D. Leganés, siendo elegido por la afición como mejor jugador de la temporada. En agosto de 2021 firma ya en propiedad con los pepineros.

Centrocampista organizador fino y de buen trato de balón, fue internacional con España en todas las categorías inferiores, participando en la Eurocopa sub-17 de 2009 y proclamándose campeón de la Eurocopa sub-19 de 2011, dando dos asistencias en la final. Posteriormente disputaría también siete choques con la sub-21.