Juanfran, formado en el C.D. Avance, fichó por el Getafe C.F. en edad juvenil, pasando por el filial y debutando con el primer equipo en Primera División, llegando a jugar cuatro encuentros oficiales. Tras pasar por el Villarreal 'B', con el que conseguiría el ascenso a Segunda División, ficharía por el Real Madrid Castilla, donde permanecería durante cuatro temporadas, la última de ellas en Segunda División. En esa etapa llegaría a debutar con el primer equipo blanco en dos partidos de Copa del Rey.

En 2013 firmaría por el Real Betis, con el que llegaría a disputar 48 partidos oficiales en la 2013/14 aunque no podría evitar el descenso verdiblanco. Al año siguiente fichaba por el Deportivo, club en el que ha permanecido las últimas cuatro temporadas siendo un fijo para todos los entrenadores participando en 143 partidos con el conjunto coruñés.

Futbolista de banda rápido y potente, comenzó su trayectoria como extremo diestro aunque con el paso de los años se ha reconvertido en un lateral con vocación atacante pero que no descuida su parcela defensiva.