Muñoz, de 1'85 metros de estatura, se formó en las categorías inferiores de Boca Juniors, equipo con el que debutó como profesional con apenas diecisiete años y con el que jugaría en 22 ocasiones en dos temporadas, dando el salto a Europa en 2010 al fichar por el Palermo italiano. En su primera temporada ya se hizo un sitio como titular indiscutible, participando en 38 encuentros oficiales entre Serie A, Copa de Italia y Europa League.

Ezequel seguiría siendo habitual en el Palermo las siguientes cuatro temporadas, una de ellas en la Serie B, mostrando su jerarquía en el centro de la zaga. Tras media temporada de cesión en la Sampdoria, llegó al Genoa en 2015. En su primera campaña disputó 18 encuentros, mientras que en la última temporada se hizo de nuevo con la titularidad de forma indiscutible participando en 32 choques.

Tras siete años en Italia, Muñoz disputó 21 partidos oficiales en su primera temporada en Butarque, con cerca de 1.500 minutos de juego. En ellos demostró su carácter, colocación, experiencia y buen juego aéreo que le avalaban.