Nacido en Ávila, Borja Jiménez comenzó su andadura en los banquillos en el Real Ávila en la temporada 2013/14, consiguiendo clasificarse para el play-off de ascenso a Segunda División 'B'. Tras pasar por el Real Valladolid 'B' en la campaña 2015/16, se hizo cargo de Izarra y Rápido de Bouzas, con un destacado papel en la categoría de bronce, antes de llegar en 2018 al C.D. Mirandés.

Con los de Anduva completaría una gran temporada, logrando el ascenso a LaLiga SmartBank en el play-off con un conjunto rojillo en el que también militaba uno de los actuales capitanes pepineros, Sergio González, además de ganando la Copa RFEF por primera vez en la historia del Mirandés. En 2019 ficharía por el Asteras Trípolis de la Superliga griega, y posteriormente por el F.C. Cartagena, logrando un nuevo ascenso a la categoría de plata en 2020.

Con los albinegros se estrenaría en LaLiga SmartBank, mientras que en el verano de 2021 se hacía cargo del R.C. Deportivo de La Coruña, equipo al que dirigió en 49 partidos logrando el mejor promedio de puntos por partido en el club en el siglo XXI y quedándose a las puertas de su tercer ascenso en los banquillos.